Problema risolto da un annetto con le recenti versioni di Cydia. Oggi non esiste più... Quando reinstalli cydia, cancella eventuali versioni precedenti (e relativi software...)
Comunque, se ripristini di fatto "formatti" le partizione di sistema e quella dati, per cui eventuali ****herie vengono cancellate.
Con aggiorna, viene invece solo "formattata" (cancellate e riscritta forse è meglio) solo quella di sistema, mentre tutti i dati restano dove sono (e non vanno più ripristinati)

Quindi, se aggiorni, e non fai il jb ti trovi con la partizione dati sp0rca